GATK* 最佳实践流程部署的基础设施

GATK* 最佳实践流程部署的基础设施

GATK* 最佳实践流程部署的基础设施

概述
本文档是 Broad 研究所针对参考平台和基准测试工作的指南。基准测试工作包括自动进行Broad 研究所(以下简称“Broad”)的 GATK* 最佳实践流程,并提供流程相关的系统级数据,以此来展示如何才能最有效地利用最新的基于英特尔® 架构的平台。

Broad 提供的 GATK 最佳实践建议中的流程实施部分会与用于比对的 BWA 和用于排序的 Picard 工具结合起来,被构建为一个 Perl 脚本。除了运行这些工具外,系统还会通过Workflow Profiler(一个英特尔开源项目)为单个工具乃至整个流程搜集系统级数据。

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